Штаммы X: в РФ создают ПЦР-тест для выявления мутантных коронавирусов
Специалисты Роспотребнадзора разрабатывают новую тест-систему, которая будет максимально точно выявлять мутантные штаммы SARS-CoV-2. Речь о создании набора реагентов, который будет распознавать наименее подверженные изменениям гены коронавируса. Также специалисты планируют идентифицировать сразу два фрагмента генома патогена, чтобы снизить вероятность ложноотрицательных результатов. Если новые мутации затронут участок, который используется в тест-системе, за счет второго фрагмента тест-система останется эффективной. Проведение анализа с использованием двух участков генома не должно существенно сказаться на стоимости теста, а время получения результата останется прежним, сообщили разработчики.
Неуловимый СoV
Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA) предупредило лаборатории США, что мутировавший вариант SARS-CoV-2 способен «уходить» от ряда тест-систем, зарегистрированных в стране. «При любом молекулярном тесте для обнаружения SARS-CoV-2 возможны ложноотрицательные результаты, если в оцениваемой части генома вируса происходит мутация», сказано в сообщении ведомства.
Проблема актуальная не только для США, но и для других стран, в том числе России, утверждают специалисты. На сайте международной Ассоциации клинической химии и лабораторной медицины (IFCC) указано, что рекомендуемыми для разработки диагностических систем мишенями в геноме вируса являются гены N (кодирует белок нуклеокапсида), E (кодирует белок мелкой мембраны), S (кодирует белок шипа) и RdRP (кодирует РНК-полимеразу).
Ни одна из существующих на сегодня тест-систем, разрешенных к применению на территории России, не исследует одновременно все эти участки, сообщила «Известиям» медицинский консультант онлайн-лаборатории Lab4U Екатерина Гергесова.
— Некоторые из них нацелены только на ген S, другие — на комбинацию не более двух генов одновременно. Становится понятно, что в случае мутации в одной из областей генома вируса, определяемого данным набором реагентов, тест может дать ложноотрицательный результат, так как тестирование настроено на строго определенную последовательность нуклеотидов в участке генома, — рассказала специалист.
То есть, если эта последовательность изменяется в результате мутации, тест не сработает.
Двойное распознавание
Чтобы снизить вероятность ложноотрицательных результатов, связанных с новыми штаммами, специалисты Роспотребнадзора приступили к разработке новой тест-системы, которая будет чувствительна к мутировавшему SARS-CoV-2.
Ученые создают такие наборы реагентов, которые будут распознавать наименее подверженные изменениям гены, сообщил «Известиям» руководитель научной группы разработки новых методов диагностики заболеваний человека ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора Камиль Хафизов. Также специалисты планируют использовать сразу два фрагмента генома вируса, чтобы снизить вероятность ложноотрицательных результатов.
— Геном коронавируса (в том числе те, что перечислили в IFCC), как и любого другого РНК-содержащего вируса, подвержен мутациям. К примеру, в случае с британским штаммом, когда произошло изменение в S-гене, некоторые зарубежные тест-системы были несколько скомпрометированы, — пояснил специалист. — Поэтому мы сейчас тщательно анализируем существующие геномы и стараемся учитывать те участки, которые на данный момент менее всего подвержены изменениям.
В России зарегистрировано больше 30 тестов на коронавирус. Все они рассчитаны на определение фрагмента одного гена, сообщил Камиль Хафизов.
— Мы сейчас продумываем систему диагностики, рассчитанную сразу на два разных участка, но процесс пока еще на стадии разработки. В случае, если новые мутации в будущем затронут участок, что используется в тест-системе, за счет того, что второй фрагмент все же будет успешно определяться, тест-системы останутся эффективными в любой момент времени, — подчеркнул Камиль Хафизов.
Как пояснил ученый, пока в ЦНИИ не готовы раскрывать информацию о конкретных генах, которые будет распознавать новая тест-система. Это коммерческая тайна. Проведение анализа с использованием двух участков не должно существенно сказаться на стоимости теста, а время получения результата останется прежним.
Найти мутантный штамм
Для диагностических систем обычно используется несколько генов и определяются именно консервативные последовательности, сказал «Известиям» руководитель лаборатории геномной инженерии МФТИ Павел Волчков.
— Это рутинная технология. Просто коронавирусом мы стали заниматься не так давно. А вообще это общемировая практика, — отметил специалист.
Но неточность анализа не всегда связана с погрешностями тест-системы. При проведении любого диагностического теста важно контролировать качество его выполнения и чистоту исследования, напомнил профессор-исследователь Балтийского федерального университета имени Иммануила Канта (вуз — участник проекта повышения конкурентоспособности образования «5–100») Андрей Продеус. Это значит, что нужно брать патогены на пробу в том месте, где содержится самое большое количество вирусных частиц.
— Если пациент поел, попил, почистил зубы, прополоскал рот менее чем за 2–3 часа до проведения исследования, вероятность получить корректный результат существенно снижается, — рассказал профессор.
Кроме того, корректной диагностике может помешать тот факт, что пациент уже переболел или привился вакциной. В этом случае вирус может продолжать находиться в клетках организма, но его количество слишком мало для положительного результата.
— В России сейчас существуют различные тест-системы, многие из которых прошли небольшие клинические испытания, поэтому такие тесты также могут показывать некорректный результат, — отметил Андрей Продеус.
Что касается разработки новых тестов в целом, есть вероятность, что из-за высокой скорости изменчивости вируса с разработкой новых наборов ученые могут и не успеть, отметила Екатерина Гергесова. Выход из положения — при постановке диагноза опираться не только на результаты ПЦР-теста, но учитывать комплексную клиническую картину и эпидемиологический анамнез.
