COVID & Co: в РФ зафиксирован случай заражения двумя штаммами SARS-CoV-2
Ученые ФБУН ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора опубликовали препринт с описанием случая заболевания сразу двумя штаммами коронавируса. Такая ситуация, как заявили «Известиям» в институте, описана впервые. Вирусы относятся к двум разным группам штаммов — GH и GR. Первый считается редким, а другой часто встречается в России. За время болезни один штамм почти полностью заменил другой, что может быть объяснено более высокой вирулентностью (вызывает более сильное заболевание) штамма GR. Пациент умер. Не исключено, что заболевание протекало тяжелее из-за двойного инфицирования, говорят опрошенные «Известиями» эксперты.
Особый случай
Единичные случаи повторного заражения были несколько раз описаны в научной литературе, а вот о двойной инфекции, когда в организме одного человека борются друг с другом два разных штамма, сообщено впервые. Ученые ФБУН ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора опубликовали препринт, где охарактеризовали два штамма SARS-CoV-2. Они принадлежат к разным группам (кладам): один к кладу GH, второй — к GR. При первом тестировании штамм GH занимал 70% в мазке, а GR — 30%. При повторном тестировании через восемь дней содержание вирусов разных групп изменилось и составило 3% и 97% с преобладанием штамма GR.
— По степени различий филогенетически штаммы выделяют в более крупные группы (клады). Их семь: G, GH, GR, L, O, S и V, — пояснил профессор кафедры геномики и биоинформатики СФУ, профессор Геттингенского университета (Германия) Константин Крутовский. — В статье речь о пациенте, у которого нашли два разных штамма, которые различаются по семи мутациям и относятся к двум разным кладам — GH и GR. Первый штамм SARS-CoV-2 вообще уникален, в базе данных такого больше нет. От ближайшего он отличается всего двумя мутациями, и такие часто встречаются в США, Канаде и Исландии. Второй штамм совсем не уникален и активно циркулирует в России, Англии, Португалии и США.
Чтобы доказательно установить наличие двух разных штаммов по мазку из носоглотки 90-летнего пациента пробы взяли с разницей в восемь дней. Оба теста были положительными на SARS-CoV-2. После ученые произвели высокопроизводительное секвенирование геномов вируса из обоих мазков.
«Наличие двух вариантов вируса у одного и того же пациента может быть связано с внутрибольничной инфекцией», — пишут авторы статьи. «Однако пациент провел в больнице всего один день до сбора первого мазка, в котором мы обнаружили два штамма SARS-CoV-2. Вероятность получения положительного результата ПЦР-теста в первые дни после заражения довольно мала. Поэтому наши данные можно интерпретировать либо как заражение двумя штаммами до поступления в стационар, либо как быстрое повышение вирусной нагрузки больничного штамма до обнаруживаемого уровня из-за ослабленной иммунной системы пациента», — сказано в работе.
Состояние больного постепенно ухудшалось, и врачи вынуждены были перевести его в отделение интенсивной терапии больницы, специализирующейся на лечении COVID-19. В итоге пациент умер.
Впервые в мире
Сегодня можно уверенно говорить только об одном подобном случае, который впервые описан в России, рассказали «Известиям» в Роспотребнадзоре.
— В небольшом количестве зарубежных статей рассматривается теоретическая возможность двойной инфекции SARS-CoV-2, но приведенные там данные неоднозначны, — объяснила одна из авторов работы, заместитель директора по клинической работе ФБУН ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора Антонина Плоскирева. — С одной стороны, все понимают, что, в принципе, двойная инфекция SARS-CoV-2 возможна (как минимум потому что она многократно была показана для других вирусов), но доказанных случаев нет. Проведенное нами исследование описывает случай, когда мы можем говорить именно о двойной инфекции, так как в одном образце были обнаружены два штамма вируса (линия GH и GR).
Также российским ученым впервые в мире удалось проследить смену доминирующего штамма вируса у одного пациента, обратила внимание Антонина Плоскирева.
«Изменение соотношения доминирующих штаммов при манифестации заболевания может быть объяснено преимуществом или более высокой вирулентностью штамма, принадлежащего к кладу GR», — пишут авторы статьи.
— Полученные результаты представляют интерес не только для России, но и для всего научного мира, — считает Антонина Плоскирева. — Для SARS-CoV-2 влияние двойной инфекции на ход болезни пока не описано по причине весьма ограниченной информации на эту тему в научных публикациях.
Операция «Рекомбинация»
В нынешней эпидемической ситуации случаи инфицирования сразу двумя разными штаммами SARS-CoV-2 вполне возможны, считает член-корреспондент РАН, заведующий лабораторией биотехнологии и вирусологии факультета естественных наук НГУ Сергей Нетесов.
— Во время массовых эпидемий гриппа такое бывает. Бывает такое и с вирусами гепатита С, энтеровирусами и так далее. Усиливать эти два штамма друг друга вряд ли будут. Скорее мешать. А вот рекомбинация между ними вполне вероятна. Будет ли в результате образовываться новый, более патогенный штамм? Вполне возможно, — добавил эксперт.
Константин Крутовский также не исключает возможности появления новых комбинаций гена коронавируса из двух штаммов SARS-CoV-2.
— Конечно, находясь в одном организме, вирусы могут рекомбинировать. Это может усилить коронавирус, если получатся более выгодные комбинации мутаций. Предполагается, что именно это и произошло с SARS-CoV-2, который, как считают некоторые эксперты, является продуктом рекомбинации между коронавирусом летучей мыши и коронавирусом панголина, — отметил ученый.
Важно, что российские ученые обнаружили два разных штамма коронавируса в одной клетке, подчеркнул руководитель лаборатории геномной инженерии МФТИ Павел Волчков.
— Это принципиальный момент. Например, у вируса гриппа есть защитный механизм, который препятствует попаданию нескольких вирусных частиц в одну клетку. Однако этот механизм работает не на 100%. И на стадии первой инфекции часто вирусы гриппа попадают в клетку одновременно, и происходит рекомбинация. Было бы очень важно узнать, есть ли такой механизм у SARS-CoV-2, — сказал специалист.
Можно предполагать, что из-за двойного инфицирования COVID-19 будет протекать тяжелее, допустил Константин Крутовский. Аналогичный эффект наблюдался при двойном заражении разными штаммами ВИЧ.
Авторы статьи пишут, что «влияние двойной инфекции SARS-CoV-2 на вирусную нагрузку и тяжесть или продолжительность COVID-19 в настоящее время неизвестно». «Возможно, что присутствие двух разных штаммов SARS-CoV-2 было фактором, который привел к быстрому прогрессированию болезни и смерти пациента», — предположили ученые.
